Η ιστορία της Γαύδου ξεκινά από τους νεολιθικούς χρόνους, αφού υπάρχουν αναφορές για κατοίκησή της από τους αρχαίους συγγραφείς Ηρόδοτο, Στράβωνα, Πτολεμαίο και Ιεροκλή. Αρχαιολογικές έρευνες έχουν δείξει ότι κατοικείται από το 3.000 π.Χ. Το 1927 ο αρχαιολόγος F. Halbherr ανακάλυψε στο Πραιτόριο της Γόρτυνας, στην περιοχή του Ηρακλείου, τα δύο πρώτα τμήματα μιας επιγραφής χαραγμένης σε πωρόλιθο. Το 1960, βρέθηκε εντοιχισμένο σ’ ένα αγροτόσπιτο στην περιοχή Μεσαράς του Ηρακλείου, το τρίτο τμήμα της ίδιας επιγραφής. Η μελέτη της ολοκληρωμένης πια επιγραφής έφερε στο φως τη Συνθήκη, που συνήφθει μεταξύ Γορτυνίων και Καυδίων και αποδεικνύει τη σχέση που υπήρχε ανάμεσα στην παντοδύναμη τότε Γόρτυνα και στην Γαύδο, τον 3ο αιώνα π.Χ. Το κείμενο είναι γραμμένο στη δωρική κρητική διάλεκτο της εποχής και αναφέρει ότι οι Γορτύνιοι επιτρέπουν στους κατοίκους της Γαύδου “να κατοικούν στο νησί τους ελεύθεροι και αυτόνομοι, με δικά τους δικαστήρια και νόμους και με το καθεστώς που καθόρισαν οι Γορτύνιοι. Οι κάτοικοι της Γαύδου υποχρεούνται να ακολουθούν τους Γορτύνιους σε πόλεμο και ειρήνη και να καταβάλλουν το 1/10 από τα γεννήματα που παράγει η γη τους εκτός από τα ζώα, τα λαχανικά και την πρόσοδο των λιμένων. Επίσης να δίνουν κάθε χρόνο πέντε χιλιάδες χόες αλατιού, από τη συνολική παραγωγή, και διακόσιους μεδίμνους από τους καρπούς του κέδρου, αν η σοδειά είναι καλή, και εξήντα μεδίμνους αν η σοδειά δεν είναι καλή”. Το αλάτι και το κεδρέλαιο που χρησιμοποιείτο στη φαρμακευτική και τη συντήρηση των πλοίων ήταν τα κύρια προϊόντα της Γαύδου.

Στην παλαιοχριστιανική εποχή η Γαύδος ήταν βυζαντινή επαρχία με δικό της επίσκοπο. Στη νεώτερη ιστορία αναφέρεται σαν τόπος εξορίας.

Στο βρετανικό μουσείο βρίσκεται μαρμάρινο άγαλμα του 500-300 π.Χ. από τη Γαύδο.

   Η Γαύδος στη Καινή Διαθήκη

Αναφέρεται σαν Κλαύδη. Κατά τη διάρκεια της μεταφοράς του απ. Παύλου από την Ιουδαία προς τη Ρώμη για να δικαστεί, ξέσπασε ξαφνικός δυνατός άνεμος, ο Ευροκλείδων (Πραξ. 27:14), με αποτέλεσμα να παρασυρθεί το πλοίο κοντά στο νησί. Εκεί με αρκετή δυσκολία μάζεψαν τον ιστό και με σηκωμένη την άγκυρα άφησαν ελεύθερο το πλοίο για να μη πέσουν πάνω στην Σύρτη (Η Σύρτη είναι περιοχή της Β. Αφρικής).

Η θαλάσσια περιοχή νότια από τα παράλια της Κρήτης θεωρείται δύσκολη και επικίνδυνη περιοχή. Ενώ ένα πλοίο μπορεί να ξεκινήσει με καλό καιρό, μετά από μερικά μίλια ο καιρός μπορεί να αλλάξει δραματικά, φτάνοντας ακόμα και τα 8-9 μποφόρ από τις αρχές ακόμα του φθινοπώρου. Όταν το πλοίο που μετέφερε τον απ. Παύλο ξεκίνησε από το λιμάνι των Καλών Λιμένων, για να ξεχειμωνιάσει στο λιμάνι του Φοίνικα, το οποίο θεωρείτο ασφαλέστερο κατά τη χειμερινή περίοδο, ξεκίνησε με καλό καιρό, η κατάσταση άλλαξε ξαφνικά. Εάν μάλιστα συνυπολογιστεί το ότι δεν υπήρχε πρόγνωση καιρού, μαζί με το ότι τα πλοία της εποχής εκείνης υστερούσαν κατά πολύ με τα σύγχρονα σημερινά και ήταν πολύ μικρότερα, τα ταξίδια αυτά ήταν άκρως επικίνδυνα, πλην όμως αναγκαία. Ακόμα και σήμερα το λιμεναρχείο παρότι έχει πρόγνωση καιρού, για τα δρομολόγια προς το νησί της Γαύδου, ενημερώνεται από τον πλοίαρχο του καραβιού που επιστρέφει από το νησί, όταν φυσικά οι καιρικές συνθήκες το επιτρέπουν, καθώς η κατάσταση μπορεί να αλλάξει ξαφνικά χωρίς να μπορεί να γίνει καμία ασφαλής πρόγνωση.

Στην περίπτωση του πλοίου που μετέφερε τον απ. Παύλο, ο άνεμος που έπιασε ξαφνικά ήταν τυφώνας, κάνοντας ακόμα πιο τραγική την κατάσταση. Για το λόγο αυτό αποφάσισαν να αδειάσουν το περιεχόμενο του πλοίου στη θάλασσα, την δε επόμενη μέρα να πετάξουν ακόμα και τα σκεύη. Ο καπετάνιος του πλοίου αποφάσισε δε να κατεβάσει τα πανιά, για να μην πλέει με περισσότερη ταχύτητα το πλοίο κόντρα στα κύματα δημιουργώντας μεγαλύτερο πρόβλημα στη σταθερότητα του, αφήνοντας την πορεία του στην "τύχη", που δεν ήταν τίποτα άλλο από την πρόνοια του Θεού, για τη σωτηρία του Παύλου και όλων όσων ταξίδευαν με το πλοίο. Παρόμοιο τρόπο διακυβέρνηση του πλοίου, όταν η θάλασσα ανοιχτά της Κρήτης προς τη Γαύδο είναι φουρτουνιασμένη, διαλέγει ο καπετάνιος και στις μέρες μας, μηδενίζοντας την ταχύτητα του πλοίου και αφήνοντας το πλεύσει με όσο το δυνατόν μικρότερη ταχύτητα κόντρα στα μανιασμένα κύματα, αποφεύγοντας πιθανή βύθιση του πλοίου.

   Η Γαύδος σήμερα